在一份标准的运输代理合同中，以下风险点是需要特别留意的：
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货物损失和损坏的风险 - 合同应明确规定货物的包装要求以及承运人对货物损失或损坏的责任限制。双方应就保险事宜达成一致，以确保在发生意外时能够得到合理的赔偿。
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延误交货的风险 - 合同应包含交货时间表和延迟交货的后果，包括可能的罚款和退款政策。同时，应对不可抗力事件（如自然灾害、战争等）导致的延误做出特殊约定。
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海关清关风险 - 如果涉及国际运输，合同需考虑可能的海关问题，包括关税、税费、进口/出口许可证和其他合规事项。
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责任限制 - 运输代理人通常会设定其对任何损失或损害的责任上限。合同应该清晰地说明这些限制，以便委托方了解自己可能面临的潜在风险。
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隐私和安全风险 - 在处理敏感信息或贵重物品时，合同应确保代理人采取必要的安全措施来保护客户的利益不受侵犯。
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纠纷解决机制 - 对于可能出现的争议，合同应事先约定适用的法律、管辖权和争议解决方式，可以是仲裁或是诉讼。
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终止条款 - 合同应明确规定合同的终止条件和双方的义务，例如提前通知期限和终止后的责任。
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费用和付款条款 - 合同应对所有费用，包括预付费用、额外费用和支付周期有明确的约定，以避免误解和纠纷。
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变更和修改的权利 - 合同应明确双方是否有权利在不经过对方同意的情况下单方面更改条款，以及如果可以，需要满足的条件是什么。
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适用法律和语言 - 合同应确定适用的法律和解释合同所使用的语言，这有助于在出现问题时有清晰的指导原则。
综上所述，一份完善的运输代理合同应当全面考虑到上述风险点，并通过具体的条款加以规范，以确保交易各方的权益都能得到有效保障。